Die Forschungsarbeit des GWZO ist in drei Abteilungen »Mensch und Umwelt«, »Kultur und Imagination« und »Verflechtung und Globalisierung« sowie in zwei Nachwuchsforschungsgruppen »Ostmitteleuropa im Vergleich« und »The Dantean Anomaly« organisiert. Die VW Freigeist-Nachwuchsforschungsgruppe »The Dantean Anomaly« arbeitet im Rahmen der Abteilung »Mensch und Umwelt«. Die inhaltlichen Schwerpunkte der einzelnen Forschungsgruppen werden ergänzt und gebündelt durch fünf thematische Forschungsperspektiven, aus der die Arbeitsgruppen hervorgingen.